首先，兩者感染的病原體以及病變的主要部位有所區(qū)別。腦炎大多來自于一些病毒感染，比如乙型腦炎病毒，腮腺炎病毒，單純皰疹病毒、腺病毒等。主要是引起腦實質(zhì)的損傷。
腦膜炎可以來自于病毒細菌的感染比如見的腦膜炎奈瑟菌等，主要引起腦脊髓膜的炎癥病變。二者的臨床表現(xiàn)也是有所區(qū)別的，腦炎發(fā)病初期大多有一些呼吸道感染的癥狀，比如頭痛、乏力、食欲、下降，惡心、嘔吐、嗜睡等。病情急劇的進展，出現(xiàn)腦實質(zhì)受損的癥狀，主要表現(xiàn)為高熱、嗜睡，昏迷等意識障礙，驚厥、抽搐、呼吸衰竭等，重癥病例往往留有不同程度的后遺癥。
腦膜腦炎，其病同樣可以出現(xiàn)上呼吸道感染的癥狀，隨后進入到敗血癥期，寒顫、高熱、體溫迅速升高伴有明顯的全身中毒癥狀，隨后出現(xiàn)腦膜刺激癥狀，主要為頭痛、噴射性嘔吐、煩躁不安以及頸項強直等腦膜刺激癥狀。嚴重的患者可以出現(xiàn)抽搐，意識障礙等。
相關的輔助檢查也是有所區(qū)別的，一般，血常規(guī)檢查在腦炎當中是正常的，腦膜炎患者卻有明顯升高的情況，腦積液檢查是比較重要的區(qū)別方法，腦炎的腦脊液，比較清亮，腦膜炎外觀卻是渾濁的，在病毒分離上，腦炎患者可以分離到相關的致病病毒，但是腦膜炎一般是分離不出來的。
