急性腸套疊的病因，至今沒有什么明確的說法。
主要與以下幾個方面有關(guān)：
一、飲食改動和腐蝕的刺激。嬰幼兒期胃腸活動竭力處于較大改動的期間，易發(fā)作腸活動失調(diào)，比如增加腐蝕或者是食物的性質(zhì)、環(huán)境、氣溫的改動，腸管自身疾病，如腸炎等，誘發(fā)腸活動失調(diào)而導(dǎo)致腸套疊。
二、部分解剖的要素。嬰幼兒回盲部較游離，回盲瓣呈唇樣突入盲腸，當(dāng)回腸活動發(fā)作反常時，即可牽拉腸壁形成套疊。
三、病毒感染或別的要素。致使回盲部調(diào)節(jié)淋巴結(jié)腫大，小孩兒在腺病毒或輪狀病毒感染后，可使得末端的回腸調(diào)節(jié)淋巴結(jié)增生。部分腸壁增厚乃至形成腫物向腸腔內(nèi)突起，構(gòu)成了腸道底的起點，加之腸道受病毒的感染或別的要素的刺激，活動增強致使發(fā)病。
四、免疫反響不平衡要素。原發(fā)性的腸道點多發(fā)生于一歲以內(nèi)，是機體免疫功能不完善及腸壁部分免疫功能的易破損、破壞、活動失調(diào)而誘發(fā)腸套疊。激發(fā)性腸道疊，多因腸壁或者腸腔內(nèi)器質(zhì)性病變，比如腸息肉、腫瘤、腸壁血腫、腸囊腫反入腸腔，牽拉腸壁作為起點引起腸套疊，發(fā)病率約占2%到5%。
